l'FLV è un formato di file e il component che li gestisce accetta ovviamente solo flv.
Youtube funziona cosi bene perchè il file finale è sempre un flv e quindi, essendo letto dal player di flash, non ci sono problemi di browser o piattaforme. Al limite quello che potresti fare è trovare un serivizio di conversione di file video da dare ai tuoi utenti.