Ci sono svariati sistemi... il più semplice che mi viene in mente è assegnare un BorderLayout al pannello contenitore ed utilizzare il pannello .SOUTH del BorderLayout per farci quel che vuoi. Ricorda che puoi settare i layout di ciascun pannello nel modo che preferisci, per cui potresti benissimo avere un BorderLayout per il JFrame principale, un layout null in basso (e dimensionarlo a tuo piacimento) ed un gridbaglayout per il pannello centrale per disporci la maggior parte degli elementi grafici della tua interfaccia.