Come dire: non hai capito cosa ho scritto.

CGI e Perl sono due cose completamente diverse: pero` arrivano spesso assieme, dato che il Perl e` un linguaggio (di script) molto comodo per fare CGI.
Se devi fare un programma per lavorare su un tuo file, non puoi usare il Web: devi fare il programma che gira sulla tua macchina. Quindi PHP, ASP, CGI, JSP non vanno bene; invece puoi usare Perl, C/C++, Basic, Java, ecc.

Il Perl esiste anche per Windows, e credo sia anche libero, per cui lo trovi sia open-source che compilato. Ti consiglio di cercarlo in rete (oppure anche nei vecchi post di shishii, in questo forum).

Come manuale in passato (molti anni fa) usavo http://www.perldoc.com/, che pero` ora non risponde.
Un altro link e` http://www.cpan.org/doc/manual/html/pod/perl.html : forse puoi partire da qui.