Dovresti prima definire $variabile e poi usarla, non il contrario.

Quando tu scrivi

<script type="text/javascript">
function apri()
{
window.open('http://localhost/Progetto/popup.php?var=<?php$variabile;?>','1','width=300,h eight=188,scrollbars=no,left=50,top=50');
}
</script>


$variabile non è definita, quindi prima fai

<?php
$variabile="prova";
?>

e, poi, puoi definire la funzione apri.

Oppure, dai $variabile come input ad apri


function apri(a)
{
window.open('http://localhost/Progetto/popup.php?var=?php'+a+','1','width=300,height=188, scrollbars=no,left=50,top=50');
}
</script>


quindi:

link


Prova così. Controlla meglio perché forse ho fatto degli errori di sintassi.

Ciao.