Già, avevo iniziato a leggere dal penultimo post...

Per stampare la variabile nella funzione js, oltre a dichiarala prima per evitare notice, devi pure printarla...

window.open('http://localhost/Progetto/popup.php?var=<?php echo $variabile;?>','1','width=300,height=188,scrollbar s=no,left=50,top=50');