Se ho capito bene tu vuoi includere nella pagina A un'altra pagina B ma che il codice in B venga eseguito solo quando vuoi tu e con i dati che gli passi.

Metti in B il codice sotto forma di funzioni, quando fai l'include queste vengono dichiarate e poi le potrai usare quando vuoi.

esempio:

A.php
Codice PHP:
<?php

include("fileB.php");

$variabiledaprocessare = .........

....


....

//Faccio quel che mi pare e quando voglio eseguo il codice recuperato dalla pagina B
$nuovavariabile funzioneInB($variabiledaprocessare);

echo 
$nuovavariabile....

?>
B.php
Codice PHP:
<?php

function funzioneInB($str) {
   ....
   return 
$strmodificata;
}

?>