L'RFC959 non prevede un comando di questo tipo.
Ciò nonostante diverse implementazioni di server FTP, vuoi per errore, vuoi per cosa deliberatamente concessa dallo sviluppatore, permettono lo spostamento tramite i comandi RNFR - RNTO (che servirebbero esclusivamente per la rinomina).
Puoi provare qualcosa del genere.

RNFR /file
RNTO /subdir/file

... e vedere se il file viene spostato.
Tutto (ripeto) dipende sempre e cmq dal server ftp.

Saluti.