In effetti se non necessiti di una grande precisione il setInterval va bene.
Ti crei la funzione per decrementare l'alpha della clip e poi la richiami ogni tot millisecondi con un setInterval
codice:
var inter = setInterval (nome_funzione, tempo_in_millisecondi);
Poi dentro la funzione una volta che la clip sta ad alpha 0 cancelli l'intervallo con clearInterval(inter);