non ho provato il codice e rispondo un po' "su 2 piedi".
Dovresti provare ad inserire un valore nell'attributo html value="" del checkbox $row['id_materie']
Ripeto, ho dato un'occhiata veloce al codice quindi non so bene cosa ti serve, però il checkbox non potresti chiamarlo id_materie[] ad esempio? e come value inserisci $row['id_materie'].
Poi nella prima parte del codice inserisci:
while(list($chiave, $valore)=each(id_materie[]))