se non sbaglio, c'è un limite di tempo massimo entro il quale uno script deve essere eseguito. Questo tempo viene specificato nel file di configurazione di PHP, non penso ci sia altra soluzione se non modificarlo.
Però, potresti utilizzare il ciclo per farti restituire i dati in maniera diversa, ossia, lo programmi per restituire una stringa di SQL e caricarla su un file di testo. Otterresti un file sql che potrebbe esserti utile per inserirle manualmente un pò alla volta o magari tutte insieme tramite il gestore mysql che usi.
Non so se funziona, è solo un'idea...