La semantica e` (anche) una forma mentis, un modo di lavorare.
Un nome che rispecchia la posizione di un oggetto, non e` semanticamente corretto:
se domani il tuo capo (o chi per esso) decide che il menu va spostato a destra, con una semplice modifica al CSS lo sistemi, ma allora un oggetto che si chiama LeftMenu e sta a destra e` un controsenso.
I nomi devono rispecchiare il contenuto e/o la funzione dell'oggetto.

Perche` transitional? Hai problemi cosi` gravi da non poter usare lo Strict?
Se usi strict risolvi d'incanto meta` dei problemi di IE6 (quasi tutti quelli del box-model).

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Quella pagina linkata e` scritta in XML, in parte gestita da JS: probabilmente hanno lato server un parser XML che trasforma parte dei tag in XHTML.
Comunque a fronte di una DTD XHTML Transitional, forniscono tag XML, e questo non e` molto corretto (non so come si comporta IE5.5 in tali casi e ho dubbi anche per IE6).

Io sono convinto che il position crea piu` problemi di quanti ne risolva: se aumenti il font (shift +), al 90% qualcosa sballa - e ricorda che non puoi definire la dimensione del font (puo` venir sovrascritta dal browser)
Prima di concentrarmi sull'altezza volevo sistemare la larghezza, ecco perche` non avevo affrontato tutti i problemi.
Nei browser standard puoi definire top e bottom, e la cosa dovrebbe funzionare, quindi non serve il posizionamento assoluto (ti basta il relativo).
Questi li hai gia` visti? I posizionamenti assoluti e Capire i posizionamenti relativi