E' semplice: non metti codice PHP in Js, basta passare a JS la il valore x dentro un variabile:
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<head>
<script language = "javascript">
function controlloAccesso(valorePHP){
var sceltaUtente = Confirm("Messaggio per l'utente");
if (sceltaUtente){
location.href = "paginaUno.php";
}
else{
location.href = "paginaDue.php";
}
}
</script>
</head>
<body onLoad = "controlloAccesso('VALORE VARIABILE PHP')">
html vario
</body>
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![]()
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<a href = 'http://www.granditaglieforti.com'>Negozi Taglie Forti</a>
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