intendi con clickonce di visualstudio?
se si.... penso nn sia possibile.. o almeno io nn ho mai provato..

utilizzo per la distribuzione InnoSetup ( free cerca su google ) che ti permette
di creare delle impostazioni/personalizzazioni durante il setup del tuo applicativo
è molto facile da usare...ed è intuitivo...

sennò c'è BootStrapperManifest