No, non è $riga['id'] ad essere convertito in array, quello rappresenta il "valore" dal value a tutti gli effetti. La conversione "automatica" in array la si ottiene aggiungendo le quadre [] al nome del checkbox, quindi se hai definito come nome per i checkbox "box" basta solo modificarlo in "box[]". Dopodiché è semplice gestire il nuovo array per realizzare la query ad esempio, come nel tuo caso, oppure eseguire dei controlli specifici o altro.