Bene, spero che qualcun'altro riesca a ricavare maggiori informazioni dalle tue parole, per quel che mi riguarda lascio.

Vorrei comunque cercare di indovinare...:
codice:
window.open("chiamata.jsp?query="+escape(document.getEelementById('IdCampoHidden').value), "nomePopup","width=400,height=300");
nella pagina che apre il popup, lato server recuperi la query come sai fare tu.

ciao