ciao tiratardi, io ho installato [fedora core 6] su un hd esterno da 120 giga e non ho trovato difficoltà particolari. Riguardo alle prestazioni, se hai l'usb 2 e se l'hd è recente, posso garantirti che le prestazioni sono pressocchè sovrapponibili a quelle di un hd interno.
L'unico problema che potresti incontrare è nella configurazione del grub, se hai già più di un O.S. installato sull'hd interno. Alla fine ho risolto installando il grub sull'hd esterno e, poi copiando le voci di riferimento al O.S. dell'hd esterno, sul grub installato sul 1° hd!