Anzitutto attenzione alla sintassi.
il tag <link> non ha ttag di chiusura, e` un tag che devi chiudere al suo interno:
<link .... />

Poi ti converrebbe passare dal validatore HTML e dal validatore CSS: ti trovano gli errori di sintassi piu` grossi.

Poi controlla di non aver commenti condizionali specifici per IE6, o ancora peggio hack, che chiaramente nella nuova versione non funzionano.

A prima vista (molto velocemente) non ne ho visti, ma ho notato che fai molto uso di padding, che si comporta in modo diverso in IE rispetto agli altri browser.
Anche nelle liste, devi sistemare esplicitamente sia il padding che il margin, altrimenti i vari browser si comportano diversamente.