Se sei root non c'è protezione che tenga, qual è il filesystem della partizione su cui c'è Windows? Se è NTFS il problema è che Ubuntu non scrive su NTFS "nativamente" (grazie al kernel intendo), per fare questo ci vogliono dei software particolari (Es. Captive), pero' non li ho mai usati e quindi non ti so dire se funzionano bene o meno.