la dovresti chiudere dalla pagina che l'ha aperta, visto che la popup stessa andrebbe a contenere un header (per il file excel) che farebbe a botte con quello html necessario a fare un self.close() via javascript: era il motivo per cui ti ho consigliato l'iframe (che potrebbe anche essere nascosto)... ridirigi la creazione dei tuoi file XLS all'iframe e sei apposto.