Non può comunque funzionare così, perchè il codice php viene eseguito prima che la pagina venga inviata al client, e quindi all'interno del codice javascript appare solo il risultato del tuo codice, sempre che ce ne sia. Insomma, non viene eseguito al momento del richiamo della funzione js.
Forse potrebbe funzionare utilizzando una richiesta con AJAX.
Al limite puoi comunque utilizzare try per gestire eventuali errori, se questo è il tuo problema. Sennò semplicemente esegui il print, anche al di fuori di una funzione, alla fine della pagina...