con partition magic devi semplicemente crare una partizione logica nel secondo disco
poi installare tranquillamente ubuntu

naturalmente devi formattarla con filesystem reiserfs ( se possibile ) o ext3

nell'installazione diubuntu poi selezioni la partizione reiserfs e gli dai semplicemente come punto di mount /

crea anche una partizione di swap attigua con filesystem swap di circa 2 volte la quantita di ram

a quella poi ubuntu assegna il punto di mount swap automaticamente