Ciao Premeier,

probabilmente il tuo problema nel contare oggetti deallocati è vincolato al fatto che il Garbage collector decide se deallocare o meno gli oggetti che fanno parte o meno di uno o più thread e penso che questo capiti anche se tu invochi il metodo finalize in maniera esplicita nel tuo listato.

Allora un'idea sarebbe quella di avere sempre la variabile statica per il conteggio, fare l'override del metodo finalize aggiungendo il decremento di detta variabile e poi invocare direttamente il garbage collector.
Per invocare il garbage collector può esserti utile:

http://www.devdaily.com/java/edu/pj/...08/index.shtml

Sinceramente non so se il mio suggerimento può aiutarti a risolvere il tuo problema
Ciao