Appunto mi chiedevo se ci fossero dei metodi 'standard' per gestire le fatture. Anche se usassimo fatture con la sola carta, credo ci siano dei criteri per poi gestire questi pezzi di carta, che devono essere rispettati (quali dati sono necessari, questione sulla numerazione dei documenti, il documento cosa deve riportare esattamente...).
E' ovvio che ci siano dei dati obbligatori, nel tuo caso però non so dirti quali siano(di sicuro i dati della tua azienda, partita iva, numero progressivo, data...) vedi sulle fatture che hai utilizzato fino ad ora e fatti un modello simile, oppure chiedi al commercialista quali siano i dati obbligatori per la tua attività.
Sarai tu a decidere come salvarli sul Pc in un Db, in un file Word, pdf... l'importante è che ci sia sempre una copia cartacea, una che rimane a te e una che va al cliente.