Vuoi che venga svuotato ogni volta? E allora perché dichiari le variabili a livello di classe e non di metodo?

Poi aggiorni un file dentro la webapp. Pessima idea: se proprio lo devi fare mettilo fuori!
COnsidera che una servlet può essere invocata in contemporanea da un numero qualsiasi di client. Da come hai scritto il codice, sihc, ogni richiesta CONDIVIDE le variabili di classe, facendo grandi casini (per non parlare dell'accesso allo stesso file).

Senza offesa, ma hai scritto del codice orrendo; sintomo che non conosci affatto né Java né l'ambiente jsp/servlet