Non è molto chiaro il discorso sugli include che si "incaprettano" a vicenda, comunque, per l'username potresti pensare di salvarlo in sessione in maniera tale da non doverti più preoccupare da quale file andarlo a recuperare. Ovvio che farai il salvataggio in sessione solo dopo i dovuti controlli. Per la password, non è chiaro come mai si trovi insieme all'username nel file register.php, è in chiaro? Se è così (pessima soluzione, imho) utilizza un'ulteriore sessione. Altrimenti il discorso si complicherebbe leggermente...