Alla differenza di impostazioni di formato testo tra i documenti TXT e quelli web.
Se non erro, i TXT sono generalmente in UTF-8, mentre il web no.

Ti conviene, invece di fare l'inclusione, di leggerne il contenuto, convertire i caratteri in entità HTML (htmlentities(), htmlspecialchars()) e stampare il tutto nella pagina di inclusione. Cosi non dovresti avere problemi.