Io quando dovevo ricompilare versioni (già state compilate) del kernel (sempre e solo 2.6.x, non ho mai compilato dei 2.4) semplicemente riconfiguravo (make menuconfig) e ri-compilavo (make && make modules && make modules_install ). Un volta ricompilato, pigli il binario dalla sottocartella adeguata, e lo piazzi rinominato in /boot.
Mai avuto alcun problema.