Se si tratta di float posso dirti di quali problemi soffrono le versioni dei vari browser, così magari puoi regolarti di conseguenza.

Premesso che in IE è sempre buona norma contenere i float tramite un box che ha almeno una dimensione impostata (anche height: 1%), ricorda che IE 6 lavora in quirks mode se trova qualcosa (qualsiasi cosa!) prima della dichiarazione della DTD (<!DOCTYPE ecc. ecc.).
Quindi si comporta come IE 5 che considera padding e border come facenti parte delle dimensioni assegnate ai contenuti del box.

Poi, IE 6 soffre di decine di bug ai box flottanti. Uno in cui ci si imbatte spesso sono i margini raddoppiati sullo stesso lato del float. Quindi, se hai un box float: left a cui assegni margin-left: 10px, in IE 6 il tuo margine sinistro sarà di 20px. Per risolvere basta dichiarare il box flottante anche come elemento in linea, con display: inline.

Altro bug riguarda i box statici che seguono i box flottanti: il famosissimo 3px Jog Bug che sposta di 3px i contenuti del box statico lungo tutto il lato adiacente del box flottante.

Potrebbe trattarsi anche di problemi non legati esplicitamente al float. Ad es., dei margin/padding non annullati negli elementi interni ai box flottanti (tipici i paragrafi e i tag dei titoli). Se si tratta di liste contenute in elementi flottanti e flottanti a loro volta, posso dirti che di recente ho visto che IE 6 fa "ereditare" il margine impostato sullo stesso lato del float di un elemento <ul> a tutti i[*] al suo interno che flottano in direzione opposta!

Nota che potresti avere problemi anche con un testo reso corsivo (sia con elementi come [i] o [i] che tramite regola CSS). IE 6 infatti allarga di almeno 10px sulla destra gli elementi che formattano il testo in questo modo.

Questi sono ovviamente solo pochissimi bug di quell'indecenza di software che si ostinano a chiamare browser. Da quello che mi dici, potrebbe effettivamente trattarsi di un float non contenuto...IE 6 è arcinoto per problemi di questo tipo, tanto che costringe ad appesantire il markup con box ad hoc apposta per lui, altrimenti non riesce a dimensionare correttamente box flottanti e/o posizionati.

Ripeto: impegnamoci tutti a fare siti e applicazioni web che NON funzionano su IE 6! Chissà che la gente lo butti finalmente dalla finestra!