non mi ricordo se nella versione 3 di mysql nel file my.ini esisteva gia' la stringa:

skip-innodb

se esiste commentala con un rem # e riavvia mysql. Tieni presente che devono essere anche configurati i file ib_log e ib_data e che tutti i dati saranno messi li dentro. quindi mai piu' copia e incolla delle tabelle ma solo backup e restore. Questi file cresceranno in modo tremendo per chi e' uso a vedere le tabelle myisam.

that's all. Segui il manuale per la versione 3.