http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...ysql-3-23.html

le tabelle innoDB sono disponibili a partire dall versione 3.23

personalmente non ci proverei ad usarle in quella versione (3.23). Se ti servono prova, tentar non nuoce, o chi si accontenta gode... vedi tu. Ma hai segnalato una versione 3.1 di cui non sei manco certo.