Fondamentalmente la differenza sta in ciò che vuoi fare e in ciò che conosci.

Diciamo che la piattaforma Linux è meglio adatta se hai intenzione di progettare il portale usando il linguaggio php sotto server Apache, la piattaforma windows lavora meglio invece con SqlServer e il linguaggio Asp, dipende dalle tue conoscenze!

Aruba è secondo me il migliore ma acqusitare sia win che linux è una spesa inutile a mio giudizio