Usa dei metodi get/set nella classe client e glieli setti prima di chiamare il metodo run().
codice:
public class Client implements Runnable, Serializable {
public void run() {
 // codice del client 
... 
}
public void setA(Object a){this.a=a;}
....

}

Runnable client = bootstrap.getClient();
((Client)client).setA(...);
client.run();
oppure se puoi modificare la classe bootstrap

codice:
public class Client implements Runnable, Serializable {
public Client(parametri){
...
}
public void run() {
 // codice del client 
... }

Runnable client = bootstrap.getClient(parametri);
client.run();