Non so com'è ma riesco a trovare la soluzione solo dopo aver postato il problema in questo forum...

Si fa così (o almeno questo è un modo):
codice:
procedure TForm1.FormCloseQuery(Sender: TObject; var CanClose: Boolean);
begin
  CanClose:=False;
  if MessageDlg('Si vuole davvero chiudere l''applicazione?',mtConfirmation,
    [mbYes, mbNo], 0) = mrYes then
  begin
    if MessageDlg('Confermi?', mtInformation,[mbYes, mbNo], 0) = mrYes then
      CanClose:=True;
  end;
end;