Se ti può bastare che la finestra sia minimizzata vai nelle proprietà del collegamento situato in Esecuzione Automatica, scheda "Collegamento", scegli dall'elenco a fianco ad "Esegui:" l'opzione "Ridotta a icona". Per quanto riguarda l'operazione pianificata modifica la riga comando come segue
codice:
start /min "percorsodelbatch"
dove percorsodelbatch è ovviamente il percorso del batch da lanciare.
In ogni caso mi pare strano che sia necessario copiare sempre gli stessi file ogni minuto... se spieghi esattamente a cosa serve questa operazione forse ti possiamo suggerire un metodo più ortodosso di risolvere la questione.