Dovresti avere un id per ogni categoria e un id per ogni sottocategoria.
A questo punto colleghi ogni sottocategoria con le categorie a cui appartiene e ogni sito alla sottocategoria a cui appartiene.

es.

codice:
TABELLA CATEGORIE:

  | id |  nome |  

TABELLA SOTTOCATEGORIE:

  | id |  nome |  id delle cat a cui appartiene

TABELLA SITI:

  | id |  nome |  id della sottocategoria a cui appartiene
Così ti torna?

Ciao.