Ciao,
sulla scheda video non so aiutarti, ma la domanda mi sorge spontanea: perchè hai installato la 6.06 quando è appena stata rilasciata la 7.04?
E' possibile che la 6.10 e la 7.04 abbiano dei driver più aggiornati per la tua scheda video ma non saprei...

Per quanto riguarda invece l'installazione dei programmi non devi usare l'add/remove ma il Gestore Pacchetti Synaptic, li troverai amule e migliaia di altri pacchetti.L'installazione è semplicissima, basta selezionare i pacchetti e poi cliccare su applica.
In alternativa puoi aprire un terminale e dare il comando sudo apt-get install amule e il gioco è fatto.