in iTunes puoi scegliere il formato, nel pannello segnalato e poi scegli quale encoding usare, tra i quali hanno messo anche mp3. Per la questione duplicazione file, iTunes puo usare la sua libreria, se lo fa si copia il brano in libreria, e poi crea dei file xml, se non ricordo male, per la gestione delle playlist. oppure puoi scegliere se lasciare la tua musica nelle cartelle originali. Chiaramente se sposti i file in queste cartelle iTunes non le troverà piu