E' abbastanza semplice.

Innanzitutto si crea un file javascript, ad esempio mioscript.js

All'interno si scrive del codice come questo (l'esempio rimanda a un menu in flash di un sito che ho fatto in passato):

codice:
document.write("<object data=\"http://www.paciotattoo.com/App_Themes/Masterpage/Menu01.swf\" type=\"application/x-shockwave-flash\" width=\"549px\" height=\"161px\">");
document.write("<param name=\"movie\" value=\"http://www.paciotattoo.com/App_Themes/Masterpage/Menu01.swf\" />");
document.write("<param name=\"quality\" value=\"high\" />");
document.write("<param name=\"menu\" value=\"false\" /></object>");
E' la stessa cosa di prima, però scritta tramite javascript. Tutti i backslash che vedi sono per fare l'escape dei doppi apici (") che altrimenti vengono interpretati come delimitatori di stringa.

Poi all'interno della pagina, è sufficiente che scrivi, nel punto esatto dove vuoi che appaia il filmato flash :

codice:
<script type="text/javascript" src="mioscript.js"></script>
Spero ti sia d'aiuto, ciao