Evidentemente hai usato un campo di tipo char o varchar per salvare i prezzi.
Aggiungi un campo di tipo decimal alla tua tabella e fai una query di aggiornamento.

update tabella set campo_prezzo_decimal = campo_prezzo_varchar

Come soluzione di emergenza potresti fare un cast del campo
codice:
select ....
from tabella
order by cast(prezzo as unsigned)