Risolto!

codice:
function eliminaUtente(query){
var elimina = query.elimina;

if(!elimina.checked){
	alert("Per eliminare l\'utente devi selezionare il box accanto!");
	return false;
	}
	else {
		var rv
		rv = confirm('Cliccando su OK elimini l\'utente definitivamente!');
		if (rv) this.form.submit();
		return rv;
		}
}
nel form invece:
codice:
<form id="n.utente" method="post" onsubmit="return eliminaUtente(this);">
...
<button type="submit" class="pulsanteEliminaUtente"></button>
<input type="checkbox" name="elimina" value="si">
<input type="hidden" name="codiceUtente" value="...">
</form>
Non capisco perchè il controllo del checkbox e degli altri input type, non possa essere assegnato all'evento onclick.