se sai che sono due e saranno sempre due, puoi fare cosi'
codice:
function toggleIt(elm){
	var arr=elm.form.elements[elm.name];
	for(var k=0;k<arr.length;k++){
		if(arr[k]!=elm){arr[k].checked=!elm.checked;}
	}
}
<form>
Check 1 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" checked />
Check 2 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" />
</form>

se possono essere in numero imprecisato (ma sempre piu' di uno) e vuoi che solo uno possa essere spuntato
codice:
function toggleIt(elm){
	var arr=elm.form.elements[elm.name];
	for(var k=0;k<arr.length;k++){
		if(arr[k]!=elm && elm.checked){arr[k].checked=!elm.checked;}
	}
}
<form>
Check 1 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" checked />
Check 2 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" />
Check 3 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" />
Check 4 <input type="checkbox" name="on" onClick="toggleIt(this)" />
</form>

ciao