ma i file di uno, gli altri li possono vedere ma non cancellare? oppure uno spazio privato è e rimane tale?

in generale potresti fare una procedura di login con mod_rewrite che faccia sembrare che ognuno sia in una cartella differente ma in realtà non sarebbe così.
Per la procedura di upload di appoggeresti al DB oppure facendo un upload semplice, anche se la prima opzione mi sembra più gestibile (ordinamento file, modifica, cancellazione..).