se non dovessero essere file particolarmente pesanti, potresti gestire le cartelle con accesso utente / password gestito da .htaccess , un semplice file che inserito nella cartella da le direttive ad apache su come comportarsi quando si tenta di accedere alla cartella interessata.

successivamente un buon ftp manager di cui ce ne sono dei "pallet" in circolazione

anche qui su questo sito per esempio li trovi oppure se hai molte esigenze ce ne sono di ottimi anche qui

www.hotscripts.com