Non puoi intercettare la fine dell'evento e nemmeno la fine dell'effetto... e' a livello di programmazione che devi eventualmente accodare allo script che realizza l'effetto l'esecuzione di ulteriori istruzioni o la chiamata di un'altra funzione.

Puoi fare un primo tentativo creando una tua funzione con le tue istruzioni e accodando la chiamata nella gestione dell'evento:

onclick="funzioneScriptaculous();funzioneTua();"

... ma se c'e' utilizzo del timer la vedo moooolto piu' lunga

ciao