Sì. Ma se vuoi un metodo .NET puoi usare l'FTP per accedere al tuo spazio, scaricare il file da modificare, effettuare la modifica, eliminare il file originale, uploaddare quello nuovo (modificato).
Altrimenti mandi una richiesta GET al tuo file PHP che sta nel tuo spazio, che provvederà alla modifica del file interessato (metodo non sicuro). Invece l'FTP è sicuro, se supporta l'SSL.
Ciao.