Non credo sia fattibile. Gli indici fanno parte della struttura della tabella e quindi con il CREATE TABLE oppure con ALTER TABLE.

Se le modifiche che fai sono compatibili con i dati esistenti e se la congruenza del database lo permette ti prepari un file con una serie di alter table da mandare in esecuzione, oppure fai un dump dei soli dati che caricherai sulle tabelle vuote del tuo db locale. Fai un dupm totale del db locale e lo carichi (sostituendo) il remoto.

in ogni caso il backup del database remoto e' d'obbligo "PRIMA" di fare qualsiasi modifica.