Sì ... la API e' una sola, la

Shell_NotifyIcon

Dovrai utilizzare la struttura

NOTIFYICONDATA

e le costanti

NIM_ADD
NIM_DELETE
NIM_MODIFY

per decidere cosa fare ... ma e' tutto documentato su MSDN ed esistono un bel po' di esempi in giro ... basta fare delle ricerche con i riferimenti che ti ho elencato.

P.S. Se il programma deve girare su un server, e' necessario che ci sia un utente loggato. Ma, in genere, un server resta attivo *senza* che un utente faccia il logon e questo implica che il tuo programma dovrebbe essere implementato come servizio ...