risposta veloce: .... pubblicando il file swf non con le proprie dimensioni ma in 100%

Tuttavia pur funzionando potresti sgranare font ed immagini, quindi il suggerimento è stabilisci una dimensione di massima che entri perfettamente ancora nella vecchia risoluzione 800x600 e poi fai in modo di centrare eventualemente il file swf e quindi utilizzare Stage.scaleMode = "noScale"