ciao, benvenuto

1: sì, puoi utilizzare le operazioni pianificate di windows per avviare uno script php con php.exe via cmd, il codice può anche essere riutilizzato per uso normale su web senza nessun problema

2: con php puoi "segmentare" il codice in funzioni

function eseguiCalcoloUno($partoDaQui)
{
$risultato = $partoDaQui * 10;
return($risultato);
}

function eseguiCalcoloDue($partoDaQui)
{
$risultato = $partoDaQui - 20;
return($risultato);
}

$base = 22;

echo eseguiCalcoloDue(eseguiCalcoloUno($base)); // risultato = 200

potresti anche valutare l'utilizzo della programmazione ad oggetti

http://www.php.net/oop5

ciao