PRima di questo

if(move_uploaded_file($_FILES['file1']['tmp_name'], $cartella_upload.$_FILES['file1']['name'])){
chmod($cartella_upload.$_FILES['file1']['name'],0777); //permessi

aggiungi la riga
$_FILES['file1']['name']=$new_name;

e dovrebbe funzionare se non hai fatto altri errori, comunque ti consiglio di provare la cosa il più scarna possibile eliminando controlli e varie cose utilizzando solo le stringhe essenziali per verificare il correto renaming del file... CIAO